En Santa Fe la UNL cuenta con una ciudad universitaria donde concentra gran parte de su actividad académica, deportiva y recreativa. Allí concurren diariamente cerca del 50 por ciento de la totalidad de estudiantes de la Universidad. Este espacio dispone de estacionamientos, garitas y paradas de colectivos, bici-sendas y espacios lúdicos. Sobre el sector oeste se encuentran la Reserva Ecológica y el Predio UNL-ATE donde funciona el Comedor Universitario y el Centro de Salud.

Este complejo urbano está integrado por los siguientes edificios y áreas:
Facultad de Bioquímica y Ciencias Biológicas
Facultad de Ciencias Médicas
Facultad de Ingeniería y Ciencias Hídricas
Facultad de Humanidades y Ciencias
Facultad de Arquitectura, Diseño y Urbanismo
-Instituto Superior de Música
Escuela Superior de Sanidad
-Instituto Nacional de Limnología (INALI)
-Laboratorio de Hidráulica
-Aulario Común para las unidades académicas de la Ciudad Universitaria