La Universidad Nacional del Litoral promueve la realización de proyectos de investigación en el marco de distintos programas financiados con recursos propios y en asociación con otros organismos del sistema científico-tecnológico.

Con ese objetivo, la UNL desarrolló herramientas propias para la promoción y financiamiento de la investigación, como el Curso de Acción para la Investigación y el Desarrollo (CAI+D); que incluye proyectos de I+D tanto de perfil científico-tecnológico como encaminados a la indagación científico-social y orientados a problemas sociales y productivos.

Además, se desarrollan proyectos de investigación promovidos por otros organismos e instituciones del sistema científico-tecnológico argentino, tales como la Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica (ANPCyT) y el Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), de los cuales la UNL participa en su cofinanciación.