En 2006 se dio inicio al Segundo Proceso de Autoevaluación institucional de la UNL, aprobado por Resolución Nº98/06 del Consejo Superior. En este marco se evaluaron Programas, Cursos de Acción y acciones transversales llevadas adelante por la Universidad y las unidades académicas, institutos y escuelas de su dependencia durante 2000–2007.

Para realizar los análisis, se tomaron como dimensiones funcionales los ejes rectores del Plan de Desarrollo Institucional 2000-2009.

La estructura del proceso abarcó tres grandes etapas: informe preliminar diagnóstico de la unidad central y evaluación social externa; autoevaluación de las unidades académicas y consolidación de resultados.
En el Informe Final de Autoevaluación, publicado en 2008, se recopiló la información de estas etapas, analizando los logros de las acciones llevadas adelante por la Universidad y proponiendo líneas de desarrollo a seguir fortaleciendo. Este Informe fue aprobado por el Consejo Superior por Resolución Nº 450/08.

Por su parte, la CONEAU realizó un Informe de Evaluación Externa sobre dicho proceso, publicado en 2010.