Inscripciones abiertas del 09 al 15 de diciembre.
Título: Exploración epigenética de los Dominios Topológicamente Asociados de Drosophila melanogaster y su relación con diferentes proteínas de unión a ADN
Director: Agustín L. Arce
Dirigido a estudiantes de la Lic. en Biotecnología
Tema de la actividad: La estructura de la cromatina se organiza a diferentes niveles, según las distancias y tipos de interacciones que se forman. Los diferentes cromosomas se encuentran separados dentro del núcleo, ocupando regiones llamadas territorios cromosomales; y la cromatina se divide, a grandes rasgos, en compartimentos activos y compartimentos silenciados, asociados a la eucromatina y a la heterocromatina, respectivamente. Recientemente, las tecnologías de secuenciación de próxima generación permitieron identificar estructuras a menor escala, como los dominios topológicamente asociados (TADs, por sus siglas en inglés) y los bucles (loops) de diferente alcance.
En la mosca de la fruta, Drosophila melanogaster, los TADs han sido asociados de forma global a diferentes tipos de marcas epigenéticas, relacionadas principalmente a la activación o el silenciamiento de la expresión génica. Sin embargo, no se ha explorado en profundidad la relación que existe entre los TADs, sus marcas epigenéticas y las proteínas de unión a la cromatina que se encuentran reconociendo a estas regiones y pueden modular la expresión de los genes presentes. En esta AFE se explorará esta relación utilizando herramientas bioinformáticas para el análisis de datos públicos pertenecientes a diferentes publicaciones.
Actividades:
1. Búsqueda de datos epigenéticos, de proteínas de unión a ADN y de la estructura de la cromatina en el portal del proyecto modENCODE
2. Carga de las coordenadas de picos en R con el paquete GenomicRanges
3. Uso de los estados de la cromatina (combinaciones reconocidas de diferentes marcas epigenéticas) para agrupar los TADs según la abundancia de cada uno de ellos
4. Identificar las proteínas de unión a la cromatina presentes en cada TADs y evaluar asociaciones con diferentes estados de la cromatina
5. Utilizar datos públicos normalizados de expresión génica y correlacionar la expresión de los genes clasificados según los agrupamientos de los TADs para detectar patrones de co-regulación que pudieran estar asociados a la intersección entre la estructura de la cromatina, las marcas epigenéticas y las proteínas reconociendo estas regiones.
Requisitos: Biología Celular y Molecular, Bioinformáticas.
Lugar donde se llevará a cabo: Cátedra de Bioinformática (FBCB).
Duración de la actividad: 6 meses.
Documentación solicitada: historia académica, CV, breve carta de motivación.
Inscripciones abiertas del 09 al 15 de diciembre.
Fecha y lugar de la entrevista: 16 de diciembre de 2025, a las 10 h, en la Cátedra de Bioinformática.
Contacto y correo electrónico institucional para el envío de la documentación o dudas que surjan: aarce@fbcb.unl.edu.ar