Inscripciones abiertas del 09 al 15 de diciembre.
Título: Estudio de los Dominios Topológicamente Asociados de la planta Arabidopsis thaliana y su estructura jerárquica en relación a la expresión génica.
Director: Agustín L. Arce
Dirigido a estudiantes de la Lic. en Biotecnología
Tema de la actividad: La estructura de la cromatina se organiza a diferentes niveles, según las distancias y tipos de interacciones que se forman. Los diferentes cromosomas se encuentran separados dentro del núcleo, ocupando regiones llamadas territorios cromosomales; y la cromatina se divide, a grandes rasgos, en compartimentos activos y compartimentos silenciados, asociados a la eucromatina y a la heterocromatina, respectivamente. Recientemente, las tecnologías de secuenciación de próxima generación permitieron identificar estructuras a menor escala, como los dominios topológicamente asociados (TADs, por sus siglas en inglés) y los bucles (loops) de diferente alcance.
En la planta modelo Arabidopsis thaliana, los TADs no fueron inicialmente reconocidos mediante Hi-C, la metodología de secuenciación de próxima generación más utilizada. Pero posteriores estudios con mayor profundidad de secuenciación revelaron que no solo existen, sino que existen numerosos casos de jerarquías en los TADs, como en otros organismos. Esto significa que dentro de un gran TAD, que es una región líneal de la cromatina que presenta una elevada tasa de interacciones internas, puede aparecer una subestructura, TADs interiores llamados subTADs que presentan un nivel mayor de interacción dentro de los mismos. El significado de estas estructuras no está bien comprendido, surgiendo interrogantes respecto a si poseen una función, si condicionan la expresión de los genes dentro y si están determinados por marcas epigenéticas, entre otros.
Objetivo: estudiar los patrones de coexpresión de genes incluídos en TADs de diferentes jerarquía, y tamaño, para evaluar si existe una asociación entre estos factores. Para esto, se utilizarán herramientas bioinformáticas con las que se analizarán datos públicos de estructura de la cromatina y expresión génica. En el grupo se están analizando datos de Micro-C (Sun y col., 2024), una metodología similar al Hi-C pero de mayor resolución, lo que nos brinda acceso a esta clasificación jerárquica de TADs.
Actividades:
1. Carga de datos de estructura de la cromatina a partir del Micro-C de Sun y col. (2024), con información de jerarquía. Otros estudios de Hi-C o Micro-C serán considerados.
2. Descargar y procesar datos de expresión génica. Se utilizará la base de datos ATTED-II con resultados normalizados de RNA-Seq.
3. Correlacionar perfiles de expresión de los genes agrupados según jerarquía de TADs y subTADs. Para esto se podrá utilizar el paquete WGCNA.
4. Evaluar la asociación de estos agrupamientos con información de estados epigenéticos (combinaciones de marcas epigenéticas) de los TADs y subTADs que se está generando en el grupo.
Requisitos: Biología Celular y Molecular, Bioinformáticas
Lugar donde se llevará a cabo: Cátedra de Bioinformática (FBCB)
Duración de la actividad: 6 meses.
Documentación solicitada historia académica, CV, breve carta de motivación
Inscripciones abiertas del 09 al 15 de diciembre.
Fecha y lugar de la entrevista: 16 de diciembre, 14 h - Cátedra de Bioinformática
Contacto y correo electrónico institucional para el envío de la documentación o dudas que surjan: aarce@fbcb.unl.edu.ar