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El artículo 31° del Estatuto establece que el gobierno de la UNL es ejercido por la Asamblea, el Consejo Superior y el Rector, que son elegidos por los miembros de la primera.
Así, la Asamblea Universitaria es el órgano superior de la Universidad y se constituye con todos los miembros del Consejo Superior y de los Consejos Directivos de las Facultades más los representantes de los Centros Universitarios ante los colegios electorales.
El Rector, el Tribunal Universitario, el Consejo Social y el Consejo de Enseñanza Preuniversitario completan los órganos de gobierno de UNL.