Existen 14 institutos de doble dependencia articulados con el Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Tecnológicas (CONICET), que tienen como objetivo realizar investigaciones en diferentes campos disciplinares, formar recursos humanos y transferir los resultados de las investigaciones al sector socio-productivo. 

Los investigadores de CONICET que desarrollan sus tareas en los Institutos y Unidades Académicas de la Universidad suman, en el año 2018, 457, de los cuales 313 son docentes categorizados en el Programa de Incentivos. Además de estos investigadores, en los Institutos desarrollan sus becas doctorales y posdoctorales un total de 395 becarios. También forman parte de estos Institutos como miembros de la carrera de apoyo técnico o profesional un total de 102 personas.

Instituto de Lactología Industrial (INLAIN)
Sede: Santiago del Estero 2829. Santa Fe
Directora: Dra. Andrea del Luján QUIBERONI (Res. C.S. 439-19)
Fecha de Creación: 12 de Abril de 2007 (Res. CS 66/07)
Tel: (0342) 4530302
Fax: (0342) 4571162
E-mail:  inlain@fiq.unl.edu.ar
Web: www.fiq.unl.edu.ar/inlain

Instituto Nacional de Limnología (INALI)
Sede: Ciudad Universitaria. Santa Fe
Director: Dr. Pablo Agustín COLLINS (Res. C.S. 438-19)
Fecha de Creación: 4 de Octubre de 2002 (Res. CS 156/02)
Tel: (0342) 4511645/48
E-mail: secretaria@inali.unl.edu.ar / pagcollins@gmail.com
Web: www.ceride.gov.ar/institut/inali

Instituto de Desarrollo Tecnológico para la Industria Química (INTEC)
Sede: Güemes 3450. Santa Fe
Directora: Dra. Gabriela Patricia HENNING (Res. C.S. 476-18)
Fecha de Creación: 25 de junio de 1975 (Res. CS 119/75)
Tel: (0342) 4559174 / 75 / 76 / 77
E-mail: director-intec@santafe-conicet.gov.ar / ghenning@intec.unl.edu.ar
Web: www.intec.unl.edu.ar

Instituto de Matemática Aplicada del Litoral (IMAL)
Sede: Güemes 3450. Santa Fe.
Directora: Dra. Beatriz Eleonora VIVIANI (Res. C.S. 382-19)
Fecha de Creación: 7 de Agosto de 2002 (Res. CS 153/02)
Tel: (0342) 4559175/ 7
E-mail: imal@santafe-conicet.gov.ar
Web: www.imal.ceride.gov.ar

Instituto de Investigaciones en Catálisis y Petroquímica “Ing. José Miguel Parera” (INCAPE)
Sede: Predio CONICET Dr. Alberto Cassano
Colectora Ruta Nac. Nº 168 km 0, Pje El Pozo, Santa Fe.
Director: Dr. Ulises Anselmo SEDRAN (Res. C.S. Nº 475/18)
Fecha de Creación: 13 de Abril de 1978 (Res. CS 177/78)
Tel: (0342) 4533858 / 4528062
E-mail: incape@fiq.unl.edu.ar / usedran@fiq.unl.edu.ar
Web: www.unl.edu.ar/incape

Instituto de Agrobiotecnología del Litoral (IAL)
Sede: Centro Científico Tecnológico Santa Fe (CCT)
Colectora Ruta Nac. Nº 168 km. 0 – Paraje el Pozo s/n – CP. 3000 – Santa Fe – Argentina Tel.: (0342) 4511370 Interno 5017.
Directora: Dra. Raquel Lía CHAN (Res. C.S. Nº 153/19)
Fecha de Creación: 25 de Septiembre de 2008 (Res. CS 311/08)
E-mail: ial@santafe-conicet.gov.ar / rchan@fbcb.unl.edu.ar
Web: www.ial.santafe-conicet.gov.ar

Instituto de Física del Litoral (IFis Litoral)
Sede: Güemes 3450. Santa Fe
Director: Dr. Roberto Delio ARCE (Res. C.S. 634/18)
Fecha de Creación: 14 de Marzo de 2013 (Res. CS 5/13)
Tel: (0342) 4559174/5
E-Mail: roberto.arce@ifis.santafe-conicet.gov.ar
Web: www.ifis.santafe-conicet.gov.ar

Instituto de Ciencias Veterinarias del Litoral (ICIVET-Litoral)
Sede: Facultad de Ciencias Veterinarias
RP Luis Kreder 2805. Esperanza. (Pcia. Santa Fe) Tel.: (03496) 428575 Int. 349
Director: Dr. Hugo Héctor ORTEGA (Res. C.S. 477/18)
Fecha de Creación: 11 de junio de 2013 (Res. C.S. 263/13)
E-Mail: icivet@santafe-conicet.gov.ar / hhortega@fcv.unl.edu.ar

Centro de Investigación de Métodos Computacionales (CIMEC)
Sede: Predio Conicet “Dr Alberto Cassano”
Colectora Ruta Nac 168 s/n – Paraje El Pozo
3000 Santa Fe, Argentina
Director: Dr. Alberto CARDONA (Res. C.S. 635/18)
Fecha de Creación: 27 de Mayo de 2013 (Res. CS 6/13)
Tel: (0342) 4511594 ext 7035 / 7003
Fax: (0342) 4556673, 4550944
E-mail: cimec@santafe-conicet.gov.ar / acardona@intec.unl.edu.ar
Web: www.cimec.santafe-conicet.gov.ar

Instituto de Salud y Ambiente del Litoral (ISAL)
Sede: Facultad de Bioquímica y Ciencias Biológicas (FBCB) Paraje El Pozo S/N, 4to Piso. Ciudad Universitaria
3000 Santa Fe, Prov. de Santa Fe. Tel.: (0342) 4575207
Directora: Dra. Mónica Milagros MUÑOZ DE TORO ( Res.C.S. 398/19)
Fecha de Creación: 31 de Octubre de 2013 (Res. CS 563/13)
E-mail: isal@fbcb.unl.edu.ar / monicamt@fbcb.unl.edu.ar

Instituto de investigación en Señales, Sistemas e Inteligencia Computacional (sinc(i))
Sede: Facultad de Ingeniería y Ciencias Hídricas (FICH). Ciudad Universitaria. Santa Fe
Director: Dr. Diego Humberto MILONE ( Res.C.S. 514/15)
Fecha de Creación: 5 de Octubre de 2014 (Res. CS 420/14)
Tel: (0342) 4575233/34 ext 195
Fax: (0342) 4575224
E-mail: sinc@fich.unl.edu.ar
Web: fich.unl.edu.ar/sinc/

Instituto de Química Aplicada del Litoral (IQAL)
Sede: Facultad de Ingeniería Química. Santiago del Estero 2829
(3000) Santa Fe.
Director: Dr. Abel Cesar CHIALVO ( Res.C.S. 44/17)
E-mail: achialvo@fiq.unl.edu.ar
Fecha de Creación: 31 de Marzo de 2016 (Res. CS 25/16)
Teléfono: (0342) 4571164 Interno 2519

Instituto de Humanidades y Ciencias Sociales del Litoral (IHuCSo-Litoral)                                                             Sedes: Facultad de Humanidades y Ciencias (FHUC) – Facultad de Ciencias Económicas (FCE) – Facultad de Ciencias Jurídicas y Sociales (FCJS)
Director: Dr. Víctor Ramiro FERNÁNDEZ ( Res.C.S. 259/16)
Facultad de Ciencias Jurídicas y Sociales, UNL, Santa Fe. Centro de investigaciones de la FCJS. Primer piso, oficina 5.
Fecha de Creación: 8 de Octubre de 2015 (Res. CS 437/15)
Email: ihucso@santafe-conicet.gov.ar / www.ihucso.santafe-conicet.gov.ar
Teléfono: 0342 – 457 5140

Instituto de Ciencias Agropecuarias del Litoral (ICiAgro Litoral)                                                                                 Sede: Facultad de Ciencias Agrarias                                                                                                                                           Fecha de creación: 8 de noviembre de 2018 (Res. C.S. 569/18