Constituyen una instancia política y de gestión que aborda una determinada problemática que es considerada significativa para la Universidad y forman parte de las preocupaciones más importante de la agenda pública.
Tienen sede en las Unidades Académicas y un Consejo de Dirección integrado por un/a representante de cada Facultad. En cada Programa se articulan líneas de investigación, docencia y extensión y se desarrollan diversas actividades en función de los ejes que se plantean.

Los Programas que están actualmente en vigencia son: